除常规的实验管理制度外，土木工程实验教学中心根据自身的特点，制定了相关的专门管理制度。例如①结构工程实验室由于实验试件及设备大，容易发生事故。因此，该实验室规定进入实验室人员必须签订安全协议，协议中将安全事项均进行强调。对违反协议的实验人员有权利停止其实验工作。②结构工程实验室及建筑材料实验室卫生问题突出，因此，专门制定了实验过程中卫生清洁问题及实验完成后试件的清理制度等。③水处理实验室特点是化学药品多，因此，该实验室严格按化学实验室规定执行。④建筑设备实验室，电力设备多，因此，该实验室严格按电力及电子实验室规定执行。

为保障本中心“一二四四”实验教学体系正常运行，提高学生积极性，制定了以下制度：《大学生科技创新项目实施细则及学分计算办法》；《大学生参与实际工程项目及教师科研项目实施细则学分计算办法》。