按照“统一管理、统筹规划、资源共享、有效利用”的总体原则。由中心成立实验教学指导委员会，负责实验课程教学大纲、实验课程内容和实验项目审定等工作，充分发挥其对实验教学的决策和对中心的引导作用。中心实行主任负责制、人员聘任制和专兼职人员打通融合管理模式。实验教学中心主任、副主任由学校聘任，实行任期考核；实验技术人员实行聘任制，由实验教学中心统一管理；兼职教师按照教学和科研任务安排参与实验教学和实验研究工作。

具体运行制度详见：学校及土木工程实验教学中心相关规章制度